В Persona 3 главным героем является школьник, который присоединяется к специализированному факультативному исполнительному отделению (англ. Specialized Extracurricular Execution Squad, SEES), группе учеников, исследующих «тёмный час», скрытое время, наступающее ровно в полночь между одним днём и следующим за ним. Во время тёмного часа герой посещает Тартар, огромную башню, населенную «тенями», созданиями, питающимися разумом людей. Чтобы противостоять теням, каждый член SEES может призывать Персону, воплощение своего внутреннего «я».